Докато се подлагате на магнитна терапия, може да изпитате различни странични ефекти: често се срещат сънливост и дълбоко отпускане по време на индивидуални сесии, така че човек може да се почувства замаян или дори да припадне, ако седне или се изправи внезапно. Съветваме Ви да изчакате необходимото време след края на процедурата. Човек може също да изпита главоболие, гадене или диария. Освен ако тези състояния не са много тежки, те не са основание за прекъсване на магнитната терапия, тъй като обикновено преминават бързо. Пациентите с болки в ставите или гърба могат да изпитат временно влошаване на състоянието си в началото на терапевтичната серия. По-късно това изчезва и болките намаляват значително.